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学校创办于1934年，时名湖南国医专科学校，1960年改办为普通高等本科院校湖南中医学院，1990年原湖南科技大学成建制并入湖南中医学院，2002年湖南省中医药研究院与湖南中医学院合并，2006年经教育部批准更名为湖南中医药大学。2012年学校进入一本招生序列。目前学校与湖南省中医药研究院实行校院合一的管理体制。

学校现有含浦、东塘2个校区，总占地面积1000余亩，校舍建筑面积47万平方米。现有3所直属附属医院，13所非直属附属医院，5个校办合资企业。学校下设17个学院、16个研究中心（所）。学校现有学生总人数46006人，其中研究生1843人、全日制本科生18339人、专科生189人、成人学历教育学生22222人、境外学生407人。学校图书馆藏书109.7万册，线装古籍2.5万余册。拥有教学科研仪器设备总值1.50亿元，有40万元以上的贵重仪器设备17台件、多媒体教室165间，建成了先进的校园网络和多媒体教学、教室监控、教学广播、会议视频、屏蔽系统。

学校构建了以医学学科为主体，医、理、工、管、文等学科门类协调发展的学科体系。拥有中医学、中西医结合2个博士后科研流动站。现有一级学科博士学位授权点1个，二级学科博士学位授权点22个，其中8个二级学科自主设置博士学位授权点；一级学科硕士学位授权点4个，二级学科硕士学位授权点41个，其中17个二级学科自主设置硕士学位授权点。

学校形成了国家、省、学校三级重点学科体系，基本实现了湖南省建设教育强省规划中对高校重点学科建设的要求，并形成了鲜明的中医药学科特色与优势。有国家重点学科1个，国家中医药管理局重点学科23个，湖南省重点学科10个，其中湖南省优势特色重点学科2个。中医诊断学在本学科研究领域居国内领先水平。学校的优势科研项目有病证诊疗标准化与客观化研究，中药超微技术与创新药物研究，针灸——经络原理研究，妇科血症研究，中药材育种、栽培、管理、标准化研究，心脑血管病、肝病、肿瘤、糖尿病、眼底病、免疫性疾病等疑难重大疾病的防治研究，并打造了相应的科技创新团队。

近年来，学校办学条件不断改善，办学规模稳步扩大，教学质量稳步提高，科研水平大幅上升，医疗服务水平不断提高，产业发展势头良好，已发展成为一所以本科教育为主、具有完整高等教育办学层次和多个学科门类、多种办学形式、办学综合实力较强的高等中医药院校。